Gugus Penjaminan Mutu (GPM) Fakultas Tarbiyah IAIN Madura adalah unit penjaminan mutu di tingkat fakultas. GPM bertanggung jawab untuk meningkatkan kualitas dan mematangkan struktur penjaminan mutu pendidikan tinggi melalui penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan standar pendidikan tinggi.
Penyusunan program kerja GPM dan UPM bekerja sama dengan Unit Penjaminan Mutu (UPM) di tingkat program studi untuk mengkoordinasikan, melaksanakan, mengevaluasi, dan melaporkan semua kegiatan penjaminan mutu baik di fakultas maupun di tingkat program studi. Penyusunan program kerja ini fleksibel dan responsif terhadap setiap perubahan yang terjadi pada sistem pendidikan tinggi secara internal maupun eksternal. Keberadaan GPM dan UPM telah terbentuk sejak tahun 2023 berdasarkan Surat Keputusan Dekan Fakultas Tarbiyah IAIN Madura Nomor: B-383/In.38/FT/PP.00.09/02/2023 tentang pembentukan Struktur GPM dan UPM di Fakultas Tarbiyah yang diketuai oleh Abd. Ghofur, M.Pd. Selaku Wakil Dekan I Bidang Akademik dan Kelembagaan. Namun, sejak tanggal 1 Juli 2024 struktur GPM dan UPM Fakultas Tarbiyah dilakukan perubahan personel melalui SK Dekan Fakultas Tarbiyah Nomor: B-4748 /In.38/FT/PP.00.09/07/2024 tentang pembentukan struktur GPM dan UPM Fakultas Tarbiyah tahun 2024.